L’importante edificio di S. Chiara consta di un grande isolato di forma rettangolare, prospiciente le vie S. Chiara, Tribuna, Arcivescovado e S. Lorenzo.
La gentildonna Isabella de Florio, nobile, ricca e bella, rimasta vedova ancor giovane, “fè risoluzione di darsi tutta a Dio e le sue ricchezze impiegarle per la dote e fondazione di tal convento“. L’Arcivescovo Domenico Ginnasio, oriundo di Castel Bolognese (Ravenna), (1586-1605), nel 1592 “consentì all’erezione del nuovo Monastero delle Clarisse in Manfredonia da Isabella De Florio“. La pia fondazione, approvata dalla santa Sede, ebbe vita fino alla soppressione in tutta Italia delle corporazioni religiose, avvenuta per virtù della legge 7 luglio 1866 n.3096.
E’ costituito dalla chiesa, che occupa la parte angolare Nord-Est dell’edificio, e del monastero che occupa tutta la restante parte dell’isolato.
La chiesa ha due ingressi, i cui portali sono semplici ed uguali tra loro. Entrambi sono preceduti, all’esterno, da pianerottoli e gradini, indispensabili per superare il dislivello esistente tra le sedi stradali e la chiesa. Alla sommità dei portali, nelle graziose artistiche nicchie si ammirano due pregevoli statue di pietra, che raffigurano S.Francesco e S.Chiara.