Fu edificata nel 1348 dall’arcivescovo Pietro II che introdusse l’Ordine dei Frati Minori Conventuali. Per la sua costruzione furono adoperate le rovine del convento di San Francesco, sito in Siponto e distrutto dal terremoto nel 1223. Nel 1620 l’intero complesso religioso venne incendiato e saccheggiato dai Turchi. Ripristinata nel 1676, la chiesa venne consacrata dall’arcivescovo Orsini (poi Papa Benedetto XIII) e nel 1755 fu nuovamente ricostruita dall’arcivescovo Francesco Rivera.
In epoca moderna è stato demolito il muro di recinzione che congiungeva la chiesa al convento. Le facciate sono state restaurate intorno al 1932 e altri interventi sono stati effettuati nel 1950.
Il rifacimento esterno della chiesa con i caratteri del romanico non richiamano lo stile gotico dell’interno, dove si conservano un bellissimo crocifisso ligneo del Seicento, una stupenda pittura del XVII sec. (la Natività), opera degli artisti Berardino e Giulio Licinio (zio e nipote), un’epigrafe dell’arcivescovo Orsini e delle interessanti lapidi. Si conserva, inoltre, una tela con la figura del Servo di Dio Francesco Antonio Boccoli, morto nel 1767 e figlio del console sipontino in Ragusa (Jugoslavia). Le sue ossa, che riposano nel monumento eretto in suo onore, furono traslate due volte sotto l’arcivescovo Dentice e l’arcivescovo Gagliardi.
